單細(xì)胞測(cè)序通過(guò)解析單個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)及蛋白表達(dá),提供細(xì)胞行為的微觀視角。而空間組學(xué)可呈現(xiàn)基因及蛋白的空間定位,揭示細(xì)胞微環(huán)境動(dòng)態(tài)。因解析復(fù)雜組織結(jié)構(gòu)能力突出,兩項(xiàng)技術(shù)多次獲評(píng)《Nature Methods》年度方法,隨著技術(shù)的發(fā)展與普及,單細(xì)胞和空間組學(xué)技術(shù)在越來(lái)越多的科研場(chǎng)景被聯(lián)合應(yīng)用。
在腫瘤研究中,單細(xì)胞和空間組學(xué)取得了哪些應(yīng)用進(jìn)展?主要的研究思路是怎樣的?有哪些研究方向可以進(jìn)行突破?二者對(duì)于樣本的要求又有何不同?在臨床取樣時(shí)如何處理及保存樣本才能得到更高質(zhì)量的單細(xì)胞及空間組學(xué)數(shù)據(jù)呢?
丁香園與百奧智匯合作推出「單細(xì)胞 × 空間組學(xué)實(shí)操與應(yīng)用(腫瘤篇)」電子專(zhuān)題與紙質(zhì)手冊(cè),其中教學(xué)視頻覆蓋經(jīng)典課題案例、組學(xué)整合研究及 FFPE 樣本解決方案,搭配實(shí)用 Protocol,夯實(shí)實(shí)戰(zhàn)基礎(chǔ);另有腫瘤領(lǐng)域高分文獻(xiàn)解讀,帶你梳理研究重點(diǎn)并明晰技術(shù)應(yīng)用邏輯!掃描下方二維碼,領(lǐng)取200 本實(shí)體手冊(cè),同時(shí)還可參與抽獎(jiǎng),小米背包、鑰匙扣、鼻子紙、晴雨傘 60 份好禮包郵送!
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3 個(gè)教學(xué)視頻 + 4 個(gè) protocol 講透實(shí)戰(zhàn)操作
專(zhuān)題內(nèi)有多維度視頻教學(xué):涵蓋單細(xì)胞 & 空間組學(xué)課題研究思路及案例分析、高分辨率轉(zhuǎn)錄組 & 蛋白組整合研究、基于 FFPE 樣本的時(shí)空多組學(xué)解決方案。還有實(shí)用 Protocol,從 10x Xenium 原位檢測(cè)到外周血 PBMC 單細(xì)胞懸液制備,覆蓋收樣標(biāo)準(zhǔn)、懸液制備等關(guān)鍵流程。全方位輸出單細(xì)胞 + 空間組學(xué)實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn),按流程操作,助力研究高效推進(jìn) 。
5 個(gè)圖文解讀開(kāi)拓研究新思路
專(zhuān)題內(nèi)設(shè)有 5 大腫瘤領(lǐng)域圖文解讀,圍繞腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性、腫瘤發(fā)生發(fā)展與進(jìn)化、腫瘤轉(zhuǎn)移、腫瘤微環(huán)境、腫瘤治療與耐藥等核心研究方向展開(kāi)。解讀內(nèi)容不僅清晰梳理各方向的研究重點(diǎn),還結(jié)合單細(xì)胞與空間組學(xué)技術(shù)特性,說(shuō)明技術(shù)在腫瘤研究中的應(yīng)用邏輯,為研究者明確方向、匹配技術(shù)提供參考,助力推進(jìn)腫瘤領(lǐng)域相關(guān)研究。
滿(mǎn)滿(mǎn)干貨幫您一站式理清單細(xì)胞 + 空間蛋白組研究整合思想,核心邏輯是從靶器官出發(fā),采集不同時(shí)間 / 空間的組織樣本,通過(guò)多組學(xué)技術(shù)(單細(xì)胞蛋白組、單細(xì)胞 / 單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組、空間轉(zhuǎn)錄組、空間蛋白組 )分別分析,再經(jīng)「補(bǔ)充驗(yàn)證 - 分維度整合 - 全局整合」,最終獲得多組學(xué)結(jié)論,具體流程如下(滑動(dòng)):
1. 樣本起點(diǎn):
鎖定研究對(duì)象,獲取其不同時(shí)間 / 空間的組織(覆蓋研究所需的時(shí)空維度)。
2. 技術(shù)分支:
單細(xì)胞 / 單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組(sc/snRNA-seq):同步進(jìn)行單細(xì)胞 / 核轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,完成細(xì)胞分群、Marker 基因篩選、功能富集、發(fā)育軌跡及細(xì)胞互作分析,從轉(zhuǎn)錄層面解析細(xì)胞特性 。
單細(xì)胞蛋白組(CITE-seq):對(duì)組織進(jìn)行單細(xì)胞蛋白組檢測(cè),開(kāi)展細(xì)胞分群、蛋白表達(dá)、功能富集等分析,得到單細(xì)胞水平的蛋白組特征 。
空間轉(zhuǎn)錄組(Spatial transcriptomics):開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè),進(jìn)行分群、功能富集、空間特異性分析,挖掘基因表達(dá)的空間分布規(guī)律 。
空間蛋白組(Spatial proteomics):開(kāi)展空間蛋白組檢測(cè),完成分群、空間蛋白特異性分析,明確蛋白的空間定位與特征 。
3. 驗(yàn)證與整合:
多維度數(shù)據(jù)整合與驗(yàn)證:
整合單細(xì)胞及空間多組學(xué)數(shù)據(jù),鎖定與疾病發(fā)生發(fā)展機(jī)制相關(guān)的關(guān)鍵基因、關(guān)鍵亞群,通過(guò)多維度、多組學(xué)數(shù)據(jù)交叉驗(yàn)證得出更加可靠的科學(xué)結(jié)論,為臨床轉(zhuǎn)化及應(yīng)用提供有力依據(jù)。
為什么要整合——單細(xì)胞&空間組學(xué)特點(diǎn)對(duì)比:
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內(nèi)容策劃:王丹琦
內(nèi)容審核:陳涵雅
題圖來(lái)源:自己做的
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