清朝是繼承中國歷代王朝傳統(tǒng)而建立的統(tǒng)一多民族國家，主體民族是漢民族，而邊疆各民族和漢族的歷史文化傳統(tǒng)相差較大，清朝在對邊疆地區(qū)的統(tǒng)治過程中，建立了適宜邊疆各民族習(xí)俗特點(diǎn)的管理邊疆事務(wù)機(jī)構(gòu)，并適時地頒布了相應(yīng)的法制。

清廷管理邊疆事務(wù)的機(jī)構(gòu)是理藩院。乾隆年間，清朝完成了對邊疆地區(qū)的統(tǒng)一，理藩院對邊疆地區(qū)的管理已經(jīng)由北方蒙古地區(qū)擴(kuò)展到其他邊疆地區(qū)，重點(diǎn)是北部、西北部和西南邊疆。管理的范圍也有所擴(kuò)大，涉及邊疆地區(qū)的行政建置、社會經(jīng)濟(jì)、民族立法、宗教文化等等。

與此同時，理藩院與其他政府機(jī)構(gòu)在邊疆地區(qū)設(shè)置的各個施政部門的關(guān)系更加密切，分工也更加明確。清朝在邊疆地區(qū)設(shè)置軍政機(jī)構(gòu)統(tǒng)轄該地區(qū)的軍政事務(wù)。

東北地區(qū)，設(shè)置奉天將軍、吉林將軍和黑龍江將軍，即東北三將軍的駐防體制。在三將軍下，清朝根據(jù)東北邊疆地區(qū)各民族的分布和社會、經(jīng)濟(jì)、文化的特點(diǎn)，建立了四種不同的民政制度，即駐防八旗制、民戶州縣制、邊民姓長制和盟旗制度。

在蒙古地區(qū)，漠北蒙古設(shè)烏里雅蘇臺將軍、科布多參贊大臣和庫倫辦事大臣。烏里雅蘇臺將軍又稱定邊左副將軍，是清廷在喀爾喀蒙古地區(qū)設(shè)立的最高軍政建制。

在漠南蒙古設(shè)綏遠(yuǎn)城將軍、察哈爾都統(tǒng)和熱河都統(tǒng)。蒙古地區(qū)在理藩院管轄和軍府建制下又分別以盟旗制度和府廳州縣制兩種不同的民政制度管理地方。

在新疆地區(qū)，伊犁將軍為該地區(qū)的最高軍事、行政長官，代表清廷總攬全疆各項軍政事務(wù)。伊犁將軍下設(shè)都統(tǒng)、參贊大臣、辦事大臣、領(lǐng)隊大臣等，分別管轄伊犁、烏魯木齊、塔爾巴哈臺、喀什噶爾等地區(qū)。

除了上述軍政機(jī)構(gòu)，清廷針對新疆天山南北的居民特點(diǎn)，在軍府建制下分別實(shí)行伯克制度、州縣制度和盟旗——札薩克制度。

在西藏地區(qū)，駐藏大臣監(jiān)督辦理西藏一切事務(wù)。清朝對邊疆民族地區(qū)實(shí)行區(qū)域性立法，依法治理。乾嘉之際，適應(yīng)于邊疆各個民族和地區(qū)的修訂告成。乾隆六年《蒙古律例》告成。爾后，又多次增補(bǔ)修訂，至乾隆五十四年律例條文已有209條。

嘉慶十六年，清廷在理藩院設(shè)立“則例纂修館”，在增補(bǔ)刊印《蒙古律例》的同時，歷時三年編成了《理藩院則例)713條。《理藩院則例》的制定是清朝在邊疆地區(qū)的正式立法，用國家頒布的法律來約束各個民族地區(qū)活動，達(dá)到國家法制的統(tǒng)一。

就蒙古地區(qū)而言，《蒙古律例》和《理藩院則例》確定盟旗制度為蒙古地區(qū)的基本行政制度，各旗在自己的范圍內(nèi)行使清廷授予的權(quán)力，從而確立了清廷對蒙古的行政管轄。

就青海地區(qū)而言，又有《西寧青海番夷成例》。雍正三年，清廷在西寧設(shè)置西寧辦事大臣，統(tǒng)掌青海的蒙藏事務(wù)。雍正十一年，清廷又制定了《西寧青海番夷成例》，以加強(qiáng)對青海地區(qū)的管轄。

就新疆地區(qū)而言，統(tǒng)一新疆后，以《理藩院則例》和《蒙古律例》治理北疆，在南疆頒行《回疆則例》?！痘亟畡t例》簡稱《回例》。

清廷對西藏的立法主要有：西藏的行政體制立法、民事法律、刑事法律、喇嘛教寺院法律和軍事法律等。這些法律文件都明確了清王朝對西藏?fù)碛袊抑鳈?quán)。

清廷從邊疆民族地區(qū)特點(diǎn)出發(fā)，制定了相應(yīng)政策?！胺侄沃?，或者說“眾建而分其勢”，作為一種政策最早用于漠南蒙古，爾后推行于漠北蒙古，最后成為清朝對邊疆地區(qū)實(shí)行統(tǒng)治的基本政策思路。

在行政建制方面，各種行政機(jī)構(gòu)，包括各盟旗長、各級伯克、各部土司，雖有處理該地區(qū)民政事務(wù)的權(quán)力，但不相統(tǒng)屬，其任免權(quán)掌握在理藩院或各駐防大臣手中，一切行動處在清廷駐邊各級大臣的監(jiān)督之下。

在分化和削弱邊疆民族各部上層權(quán)勢的同時，清朝統(tǒng)治者對他們又刻意加以籠絡(luò)和撫綏。對歸順清朝的各民族上層人士，一般均保留和承認(rèn)他們原來統(tǒng)治本民族本地區(qū)的特權(quán)，給以優(yōu)厚俸祿，封以崇高爵位；

與部分邊疆民族上層人士家族實(shí)行聯(lián)姻，尤其和蒙古王公貴族實(shí)行滿蒙聯(lián)姻；實(shí)行朝覲制度，亦稱年班、圍班制度，年班制度即邊疆各民族上層人士每逢年節(jié)來京，朝覲皇帝、瞻仰圣容；圍班制度亦稱木蘭行圍制度，邀請邊疆民族上層人士到塞外，賜宴于避暑山莊并進(jìn)行木蘭行圍狩獵。

“因俗而治”是清廷邊疆民族統(tǒng)治另一重要的政策思路。即在政治、經(jīng)濟(jì)、思想文化、風(fēng)俗習(xí)慣等方面“從俗從宜”，“各安其習(xí)”。

清朝以“因俗而治”、“分而治之”的方針治理邊疆地區(qū)，收效甚大。但在強(qiáng)調(diào)邊墨民族地區(qū)的特殊性和制定特殊政策時，也出現(xiàn)了一些不利于各民族交流，影響邊疆民族社會發(fā)展的消極因素。影響比較大的有隔離政策和封禁政策。

清朝政府在臺灣實(shí)行漢番隔離政策，而在南疆實(shí)行漢回隔離政策。漢回隔離政策，除了行政制度和軍事制度有所不同外，在經(jīng)濟(jì)措施上，監(jiān)督漢民進(jìn)人回疆經(jīng)商，限制漢人到回疆墾殖。

在社會生活上，嚴(yán)禁漢民移住南疆，并分設(shè)漢城、回城，漢、回人分居，嚴(yán)禁漢、回兩族通婚等。封禁政策主要針對東北三省和蒙古地區(qū)，這一政策的推行，遲滯了東北、蒙古等邊疆地區(qū)的經(jīng)濟(jì)開發(fā)。

清廷的宗教政策很有特色。青藏高原、大漠南北和天山北路的蒙藏民族大多信奉藏傳佛教，而天山南路的各民族則信奉伊斯蘭教。在邊疆地區(qū)，這兩種宗教有著巨大的傳統(tǒng)影響和社會勢力。宗教問題往往和民族問題、邊疆社會問題交織在一起，清廷在邊疆地區(qū)的施政不能不考慮宗教因素。

在清朝統(tǒng)治者看來，要實(shí)現(xiàn)全國的安定，就必須確保蒙古地區(qū)的安定；要確保蒙古地區(qū)的安定，就必須利用藏傳佛教；要利用藏傳佛教，就不能不重視西藏問題，而解決西藏問題的關(guān)鍵還是在于利用藏傳佛教。

崇奉藏傳佛教不僅可以綏服西藏，而且可以加強(qiáng)蒙古部對清王朝的向心力。清朝統(tǒng)治者利用藏傳佛教政策的主要內(nèi)容有：優(yōu)禮藏傳佛教上層首領(lǐng)。達(dá)賴?yán)?、班禪額爾德尼在西藏僧俗民眾心目中威望崇高，具有極大的號召力。

清前期統(tǒng)治者對于達(dá)賴、班禪傾心歸向朝廷極為重視，從禮制上給予達(dá)賴和班禪以逾于常格的優(yōu)禮。清廷還把蒙藏地區(qū)的藏傳佛教分為四大部分，達(dá)賴?yán)镏髑安?，班禪主后藏，哲布尊丹巴主喀爾喀蒙古，章嘉胡土克圖主內(nèi)蒙古。

四大活佛既有崇高的地位，又各有領(lǐng)地，互不統(tǒng)屬，形成藏傳佛教四大喇嘛分主教權(quán)的格局。

為了支持藏傳佛教的發(fā)展，清廷賦予藏傳佛教寺院集團(tuán)種種特權(quán)，支持藏傳佛教發(fā)展的重要形式之一就是鼓勵或者出資幫助修建佛教寺廟。

因為藏傳佛教寺廟數(shù)量的多少是藏傳佛教興衰的標(biāo)志，寺廟越多，則藏傳佛教流傳越廣，信教者也隨之增加，清廷利用藏傳佛教以安定西藏地區(qū)的社會控制目標(biāo)便越容易達(dá)到。

清廷對藏傳佛教的上層人物封授以各種職銜、名號，使其享有崇高的社會地位，以爭取這些上層人物的誠心歸附。清廷對達(dá)賴?yán)锖桶喽U額爾德尼予以統(tǒng)治地方的特權(quán)，允許其直接向西藏人民征收賦稅。

與藏傳佛教不同的是清朝政府在新疆地區(qū)實(shí)行的是政教分離政策。15世紀(jì)以后，由于伊斯蘭教在新疆的迅速發(fā)展，宗教上層人物逐漸控制了世俗政權(quán)。

在清廷統(tǒng)一回疆以前，作為伊斯蘭教法規(guī)維護(hù)者的阿琿的社會地位居于世俗的伯克之上。阿琿，又稱阿渾、阿匐。大小和卓叛亂被平定以后，其后裔流亡浩罕，阿琿便成為伊斯蘭教在新疆地區(qū)的集中代表。阿琿常常制造事端，利用教徒聚會之際廢殺伯克。

新疆統(tǒng)一以后，清廷支持世俗伯克，令其署理維吾爾地區(qū)的各項民政事務(wù)，禁止宗教干預(yù)行政，實(shí)行政教分離政策。這項政策在某種程度上抑制了宗教勢力的發(fā)展，避免了宗教人員掌握世俗政權(quán)，滋生事端，有利于社會安定，國家統(tǒng)一。