1959年，廬山會(huì)議后，作為曾經(jīng)在志愿軍工作上有交集的鄧華、洪學(xué)智受到牽連，從而離開大軍區(qū)級(jí)正職位置。

鄧華調(diào)去四川副省長(zhǎng)，洪學(xué)智調(diào)去吉林省農(nóng)機(jī)廳廳長(zhǎng)。

對(duì)于職務(wù)的高低，還是軍隊(duì)的去留，洪學(xué)智并沒有顯得很難過，相比之下鄧華更有不舍，一開始要求到軍事院校學(xué)習(xí)，不被允許后，將過去的軍裝染色繼續(xù)穿著。

洪學(xué)智曾經(jīng)在回憶里寫道：降職安排國(guó)共內(nèi)戰(zhàn)，心里很坦然，也不覺得有多懊喪，只要有工作干就可以了。

他之所以能如此這般心胸，也算是過來人，因?yàn)樵趹?zhàn)爭(zhēng)年代也經(jīng)歷過這樣那樣的運(yùn)動(dòng)，也都說是很快得到糾偏，恢復(fù)職務(wù)和工作。不過，這次似乎超出預(yù)期實(shí)際。

1931年，他在紅四方軍經(jīng)歷過“A B團(tuán)”“改組派”，他所在的團(tuán)剛經(jīng)歷一場(chǎng)仗，團(tuán)長(zhǎng)、政治處主任，都被扣上這樣的名字，他所在的連對(duì)“A B團(tuán)”是什么都不知道，連長(zhǎng)被抓，排長(zhǎng)被調(diào)走。這讓他思想想不通，實(shí)際上不少干部因此而遇難。

這件事雖然沒有直接波及到他，可對(duì)此印象深刻，在短短幾個(gè)月里部隊(duì)各級(jí)指揮員都換了，他也被提拔為副連長(zhǎng)。

真正讓他有所感觸的是，三大紅軍會(huì)師后，四方面軍一部分高級(jí)干部到紅軍大學(xué)學(xué)習(xí)，期間得知西路軍失利的消息，這時(shí)候張國(guó)燾錯(cuò)誤路線被批，紅軍大學(xué)布置批判，結(jié)果四方面軍的干部受到不明不白排擠，大家想不通，吵得很激烈，被扣上土匪、軍費(fèi)的帽子。許世友聽后氣得不行，劉世模還輕生，結(jié)果重傷住進(jìn)醫(yī)院。

許世友說了一些氣話，有人向紅大政治部報(bào)告，很快采取措施，把四方面軍的干部抓起來，包括洪學(xué)智在內(nèi)，最終許世友、洪學(xué)智、劉世模，洪學(xué)智、王建安倍判1年半到6個(gè)月不等。這是他第一次被扣上那么大罪名“企圖組織逃跑未遂”。

抗戰(zhàn)爆發(fā)后，他還被隔離審查，后來中央首長(zhǎng)來看他們，對(duì)他們的生活待遇等各方進(jìn)行了解，又問想不想出去工作，大家都表示愿意，因此有人上前線了許世友、王建安，有人留后方，洪學(xué)智留在抗大學(xué)習(xí)、工作。對(duì)此，也表示對(duì)他們進(jìn)行平反。

在此后的整風(fēng)運(yùn)動(dòng)，以及其他運(yùn)動(dòng)中，發(fā)現(xiàn)問題都能夠及時(shí)糾偏，給當(dāng)事人公道處理。這也是洪學(xué)智不擔(dān)心的所在。因?yàn)槭虑閷?duì)與錯(cuò)時(shí)間是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)?；蛟S他沒有想到，這次的平反并沒有像以往那么快。

在吉林工作時(shí)，從省農(nóng)機(jī)廳廳長(zhǎng)改為重工業(yè)廳廳長(zhǎng)。隨著大運(yùn)動(dòng)深入，也看到一些情況的發(fā)生，自己再次受到?jīng)_擊到農(nóng)場(chǎng)勞動(dòng)。

1977年隨著十一大順利召開，他帶領(lǐng)單位的人出來慶祝游行，被告知可以重返北京工作，并被任命國(guó)防工業(yè)辦主任，負(fù)責(zé)常規(guī)武器的迭代。1980年，第二次擔(dān)任總后勤部部長(zhǎng)。